В 1920 году в г. Краснодаре санитарным отделом 9-й Красной Армии был образован Дом санитарного просвещения, основная задача которого состояла в обеспечении массового санитарного просвещения населения с целью предупреждения распространения инфекционных заболеваний, особенно малярии, холеры, брюшного тифа, трахомы.
В послевоенные годы осуществлялось санитарное просвещение населения по всему перечню инфекционных и неинфекционных заболеваний. На базе Дома санитарного просвещения обеспечивалось преподавание санитарного минимума для работников декретированных профессий. За годы перестройки дважды менялось наименование учреждения с сохранением преемственности основных целей и задач: в соответствии с приказом МЗ РСФСР от 28.03.89 N° 45 Дом санитарного просвещения переименован в краевой Центр здоровья; приказом МЗ от 212.92 N° 330 краевой Центр здоровья переименован в краевой Центр медицинской профилактики.
Во исполнение постановления главы администрации Краснодарского края от 17.05.2002 N° 525 "О реорганизации государственного учреждения здравоохранения Краснодарского края Центра медицинской профилактики путем присоединения к нему государственного учреждения здравоохранения Краснодарского краевого врачебно-физкультурного диспансера" произошло слияние двух служб.
В соответствии с приказом департамента здравоохранения Краснодарского края от 25.06.2002 года N° 276-ОД учреждение получило наименование ГУЗ Центр медицинской профилактики департамента здравоохранения Краснодарского края. В соответствии с приказом департамента здравоохранения Краснодарского края от 06.04.2011 г. N° 928 "О переименовании государственных учреждений здравоохранения" и Выпиской из единого государственной реестра юридических лиц от 18.07.2011 г. N° 2234 учреждение переименовано в Государственное бюджетное учреждение здравоохранения "Центр медицинской профилактики" департамента здравоохранения Краснодарского края (ГБУЗ ЦМП ДЗ КК).
В августе 2020 года в соответствии с приказом министерства здравоохранения Краснодарского края от 10.08.2020 года N° 3651 "О переименовании государственного бюджетного учреждения здравоохранения "Центр медицинской профилактики" министерства здравоохранения Краснодарского края учреждение получило наименование ГБУЗ "Центр общественного здоровья и медицинской профилактики" министерства здравоохранения Краснодарского края.